環境安全センターは学内共同教育研究施設であり、熊本大学の環境保全及び安全管理に係る教育研究の推進及び啓発を効率よく実施するために、管理運営組織の充実を目指す。

環境安全センターは、センター長（兼任）１名と専任教員１名で構成された組織である。支援組織として、環境安全に関わる事務組織がある（現在の運営基盤管理部施設管理ユニット）。センター長は熊本大学の教授が環境安全センター運営委員会で推薦され、学長によって任命される。センター長の任期は２年で再任可である。一方、専任教員は任期が５年で、熊本大学学内共同教育研究施設等の人事等に関する委員会が組織した業績評価委員会で再任審査を受け、再任の可否が決まる。
管理運営のために環境安全センター運営委員会が設置されており、センター業務に関すること、センター長候補者の推薦に関すること、施設及び予算に関することなどが審議事項である。環境安全センター運営委員会は、センター長を委員長とし、専任教員、各学部、医学部附属病院、保健センター、大学院自然科学研究科、大学院生命科学研究部、学生支援部長、運営基盤管理部の総務担当及び施設担当などによって構成されている。

• 活動内容は、webまたは年報で公開する。
• アンケート調査によって、業務活動の評価と意見をもらうようにする。
• 業務の効率化を進めるために、学外者による第三者評価を定期的に受ける。